南京大学、东南大学、南京医科大学三校合并，在学科规模和综合实力上可能接近甚至超越浙江大学，但在学科精尖度、发展历史和资源整合等方面仍面临挑战，能否真正超过浙大存在不确定性。以下为具体分析：

从学科规模和综合实力来看，三校合并后实力有望大幅提升。南京大学在文理学科方面具有深厚底蕴，东南大学在工科领域实力强劲，南京医科大学在医学方面优势突出。若三校合并，学科覆盖面将更广，综合实力有望显著增强。以学科评估数据为例，南京大学、东南大学在A类学科数量上已有一定规模，合并后A类学科总数可能进一步增加，与浙江大学相比在学科规模上更具竞争力。

然而，浙江大学也有其独特优势。浙江大学在学科评估中A类学科数量位居全国前列，且在多个学科领域具有领先地位。此外，浙江大学通过合并实现了资源的有效整合和优势互补，形成了强大的综合实力。

三校合并要超过浙江大学还面临一些挑战。学科精尖度方面，浙江大学在一些关键学科上的研究水平和学术影响力可能更高。发展历史方面，浙江大学有着较长的合并历史和成功经验，在资源整合和学科发展上更加成熟。而三校合并后，需要时间进行学科融合和资源整合，以实现协同效应。